Abdoulaye Banire Diallo, PhD

6 Mai 2025

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Étudier comment l’environnement ex vivo précoce modifie le méthylome, le transcriptome et les ARN non codants des trois premières lignées cellulaires (TE, EPI et PE), influençant ainsi potentiellement la programmation de la placenta et du fœtus en développement pour des maladies et troubles ultérieurs.
  • Décrypter les aspects fondamentaux du développement embryonnaire préimplantatoire et de la biologie des ARN.
  • Explorer le rôle des ARN non codants dans la formation des lignées cellulaires et la programmation de l’embryon humain à une résolution unicellulaire.

Dr. Abdoulaye Baniré Diallo is professor of bioinformatics and artificial intelligence in the Computer Science Department at Université du Québec à Montréal (UQÀM), and co-chair of the WELL-E Research and Innovation Chair in Animal Welfare and Artificial Intelligence. He is also director of the Artificial Intelligence axis of the Réseau Québécois en Reproduction.

He founded UQÀM’s Bioinformatics Laboratory in 2007. His research focus on the design of algorithms and methods for the integration and analysis of heterogeneous biological data. Abdoulaye holds a PhD in computer science from McGill University. He has been a research associate at the Broad Institute of the Massachusetts Institute of Technology (MIT) and Harvard University, and a postdoctoral fellow at the MIT Laboratory for Computer Science and Artificial Intelligence.

Membres du laboratoire

Armand Badiang Massoua
PhD student
bandiang_massoua.armand@courrier.uqam.ca

Hayda Almeida, MSc, PhD
Postdoc fellow
marcia_soares_almeida.hayda@courrier.uqam.ca

Vahid Nagashi
PhD candidate
naghashi.vahid@courrier.uqam.ca

Publications

Abdoulaye Banire Diallo, PhD

6 Mai 2025

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Étudier comment l’environnement ex vivo précoce modifie le méthylome, le transcriptome et les ARN non codants des trois premières lignées cellulaires (TE, EPI et PE), influençant ainsi potentiellement la programmation de la placenta et du fœtus en développement pour des maladies et troubles ultérieurs.
  • Décrypter les aspects fondamentaux du développement embryonnaire préimplantatoire et de la biologie des ARN.
  • Explorer le rôle des ARN non codants dans la formation des lignées cellulaires et la programmation de l’embryon humain à une résolution unicellulaire.

Abdoulaye Baniré Diallo est professeur de bio-informatique et d’intelligence artificielle au département d’informatique de l’Université du Québec à Montréal (UQÀM), et co-responsable de la Chaire de recherche et d’innovation WELL-E sur le bien-être animal et l’intelligence artificielle. Il est également directeur de l’axe Intelligence artificielle du Réseau Québécois en Reproduction.
Il a fondé le Laboratoire de bioinformatique de l’UQÀM en 2007. Ses recherches portent sur la conception d’algorithmes et de méthodes pour l’intégration et l’analyse de données biologiques hétérogènes. Abdoulaye détient un doctorat en informatique de l’Université McGill. Il a été chercheur associé au Broad Institute du Massachusetts Institute of Technology (MIT) et de l’Université Harvard, et chercheur postdoctoral au Laboratory for Computer Science and Artificial Intelligence du MIT.

Membres du laboratoire

Hayda Almeida, MSc, PhD
Postdoctorante
marcia_soares_almeida.hayda@courrier.uqam.ca

Vahid Naghashi
Candidat au PhD
naghashi.vahid@courrier.uqam.ca

Armand Massoua
Candidat au PhD
bandiang_massoua.armand@courrier.uqam.ca

Publications

Xianming Zhang, PhD

19 Juil 2024

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Contaminants organiques
  • Chimie environnementale et organique
  • Modèles environnementaux et moléculaires

– Sources, processus et impact des contaminants organiques sur l’environnement
– Transport sur de longues distances et impact à long terme des polluants organiques persistants
– Techniques d’échantillonnage passif pour la surveillance des traces de substances organiques dans l’environnement
– Chromatographie en phase gazeuse, chromatographie en phase liquide et spectrométrie de masse pour l’analyse organique
– Développement et application de modèles pour simuler les processus environnementaux, l’exposition et l’impact des contaminants organiques
– Exposition humaine aux contaminants organiques dans la vie quotidienne

 

Membres du laboratoire

Cassandra Johannessen
Étudiante au PhD
cassandra.johannessen@mail.concordia.ca

Faraz Iliaee
Étudiante à la maîtrise
faraziliaee@gmail.com

Samira Norouzi
Étudiante à la maîtrise
samira.norouzi@concordia.ca

Asma Syeda
Étudiante au premier cycle
syeda.asma1427@gmail.com

Publications

Julie Hussin, PhD

19 Juil 2024

Adresse complète

  • 514 376-3330 #2028
  • julie.hussin@umontreal.ca
  • https://mhi-omics.org
  • Faculté de médecine de l'Université de Montréal
    Mila, Quebec AI Institute
    Institut de Cardiologie de Montréal
    5000, rue Bélanger, Room S-2095
    Montréal, (QC)
    Canada H1T 1C8

Intérêts de recherche

  • Approche en intelligence artificielle
  • Analyses multi-omiques en cardiofertilité
  • Adoption de l'IA en santé reproductive

Ma recherche se trouve à l’intersection de l’intelligence artificielle (IA), de la génétique des populations et de l’analyse des données multi-omiques, avec comme but d’avancer l’implémentation de méthodologies IA à travers des pratiques de recherche équitables. Mon laboratoire de recherche souhaite contribuer à des défis clés de la santé reproductive par des stratégies computationnelles innovantes qui respectent et promeuvent la diversité. En développant des approches d’IA qui ne sont pas seulement prédictifs mais aussi interprétables et équitables, nous assurons qu’ils servent efficacement tous les segments de la population. Cela implique la création d’algorithmes capables de s’adapter à la variabilité complexe des données biologiques, tout en étant sensibles aux dimensions éthiques de l’IA, telles que la confidentialité, la sécurité des données et l’atténuation des biais.

Mon approche comprend une compréhension de la diversité génétique humaines, une validation rigoureuse des outils d’IA dans des contextes démographiques diversifiés pour garantir que ces modèles fonctionnent de manière équitable à travers différents groupes de population, et la documentation des modèles pour évaluer s’ils répondent aux critères d’équité.

Un autre aspect clé de mon travail est l’établissement et l’analyse de bases de données qui servent de ressources précieuses pour la communauté de recherche, en se concentrant sur la diversité et l’inclusivité, pour faire le lien entre la santé cardiovasculaire et reproductive. Ces jeux de données facilitent non seulement des analyses multi-omiques mais permettent également aux chercheurs d’explorer les interactions entre les facteurs génétiques, environnementaux et de style de vie sur la santé reproductive et cardiovasculaire. En intégrant des outils d’IA dans ces plateformes, nous pouvons accélérer la découverte de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques, menant à des interventions personnalisées et efficaces en médecine de précision.

À travers ce réseau, j’espère contribuer à promouvoir le déploiement et l’adoption de l’IA dans les études en biologie reproductive, assurant que les avantages de ces avancées technologiques soient accessibles à davantage de chercheurs et, ultimement, à traiter les patients.

Membres du laboratoire

Alexis Nolin-Lapalme
Étudiant au MD-PhD
alexis.nolin-lapalme@umontreal.ca

Moustapha Gassama
Étudiant au doctorat
moustapha.gassama@umontreal.ca

Camille Rochefort-Boulanger, MSc
Étudiante au doctorat
camille.rochefort-boulanger@umontreal.ca

Jean-Christophe Grenier
Bioinformaticien, responsable de laboratoire
jean.christophe.grenier@gmail.com

Raphael Poujol
Bioinformaticien
Raphael.poujol@gmail.com

Pamela Mehanna
Bioinformaticienne
pamela.mehanna@gmail.com

Publications

Sébastien Buczinski, DMV, DÉS, MSC, Dipl. ACVIM

18 Juil 2024

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Utilisation des tests diagnostiques à la ferme
  • Utilisation des modèles prédictifs à la ferme
  • Santé des veaux nouveaux nés

Mes intérêts sont centrés sur la nécessité de mettre en action les données générées par la recherche vers les utilisateurs de ces projets via le transfert de connaissances et la génération d’applications pratiques à la ferme.

Membres du laboratoire

Jean Silva Ramos
Étudiant au doctorat
jean.silva.ramos@umontreal.ca

Beatriz Delgado Hernandez
Étudiante à la maîtrise
beatriz.delgado.hernandez@umontreal.ca

AbdelMonem Abdallah Mohamed
Étudiant au doctorat
abd.el.monem.ali@umontreal.ca

Publications

Kevin Wade, PhD

18 Juil 2024

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Recherche en intelligence artificielle appliquée
  • Analyses de données massives (Big data)
  • Systèmes de gestion à la ferme

Recherche en intelligence artificielle appliquée : diverses applications (réseaux de neurones artificiels, raisonnement basé sur des cas, analyses d’arbres de décision, etc.) ont été utilisées dans le développement d’outils de prédiction pour la production laitière et l’incidence des maladies chez les bovins laitiers.
Analyses de données massives (Big Data) : grâce à l’utilisation de l’exploration de données et à l’étude des technologies d’apprentissage automatique, de grandes quantités de données de contrôle laitier sont examinées en vue de découvrir des relations potentielles entre des données faciles à enregistrer et des caractéristiques d’intérêt économique.
Systèmes de gestion à la ferme : le développement de modèles de durée de vie des bovins laitiers, aidé par les progrès de la visualisation des données, permet aux producteurs et aux conseillers de mieux comprendre les aspects de rentabilité de leurs entreprises grâce à l’identification des valeurs aberrantes et de l’impact des mauvaises décisions de gestion.

Membres du laboratoire

Publications

Jean-Claude Labbé, PhD

8 Jan 2019

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Division des cellules germinales
  • Organisation et fonction du syncytium germinal
  • Polarité cellulaire et mitose

Mon programme de recherche porte sur la compréhension des mécanismes fondamentaux qui gouvernent la division cellulaire au cours du développement animal. Nous focalisons plus spécifiquement sur l’étude des différentes propriétés des cellules souches germinales chez un organisme modèle classique : le nématode Caenorhabditis elegans.

Une de ces propriétés porte sur l’auto-renouvellement des cellules souches. Comme tous les types de cellules souches, les cellules souches germinales de C. elegans s’auto-renouvellent grâce au contact à leur niche, une cellule unique nommée DTC. Nous tentons de comprendre comment ces cellules souches germinales se polarisent et orientent leur axe de division cellulaire pour maintenir le contact avec la niche, et ainsi assurer une balance entre leur auto-renouvellement et leur différenciation.

Une autre propriété des cellules souches germinales étudiée dans mon groupe porte sur leur organisation en syncytium, une architecture cellulaire conservée dans laquelle plusieurs noyaux cellulaires partagent un cytoplasme commun. Nous cherchons à comprendre les mécanismes moléculaires qui assurent la formation, l’expansion et le maintien de l’architecture syncytiale pour en dériver les principes fondamentaux qui gouvernent ce type d’organisation tissulaire.

Comme la plupart des gènes impliqués dans la division cellulaire chez C. elegans ont un homologue chez les mammifères, y compris l’humain, les découvertes effectuées chez le ver peuvent guider notre compréhension de leur fonction dans plusieurs maladies, dont le cancer.

Membres du laboratoire

Kimia Zarnani, MSc
Étudiante au doctorat
kimia.zarnani@umontreal.ca

Léa Lacroix, MSc
Étudiante au doctorat
lea.lacroix@umontreal.ca

Mohamed Réda Zellag, MSc
Étudiant au doctorat
mohamed.reda.zellag@umontreal.ca

Eugénie Goupil, PhD
Conseillère à la recherche
eugenie.goupil@umontreal.ca

Vincent Poupart, MSc
Agent de recherche
vincent.poupart@umontreal.ca

Publications

Sophie Petropoulos, PhD

11 Juil 2018

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Étudier comment l’environnement ex vivo précoce modifie le méthylome, le transcriptome et les ARN non codants des trois premières lignées cellulaires (TE, EPI et PE), influençant ainsi potentiellement la programmation de la placenta et du fœtus en développement pour des maladies et troubles ultérieurs.
  • Décrypter les aspects fondamentaux du développement embryonnaire préimplantatoire et de la biologie des ARN.
  • Explorer le rôle des ARN non codants dans la formation des lignées cellulaires et la programmation de l’embryon humain à une résolution unicellulaire.

Il est maintenant bien établi dans le domaine des Origines Développementales de la Santé et des Maladies (DOHaD) que les environnements préconceptionnels, intra-utérins et précoces exercent une influence profonde et durable sur les trajectoires développementales et les issues de santé à long terme de la descendance. Des études menées chez l’humain et l’animal ont démontré que des « agressions » telles que des déséquilibres nutritionnels, le stress et les toxines environnementales peuvent avoir un impact négatif sur la descendance et perturber son développement, conduisant ainsi à une « programmation » qui accroît le risque de maladies et de troubles au cours de la vie. En particulier, une incidence accrue de diabète, d’obésité, d’hypertension, de troubles neurocognitifs et du trouble du déficit de l’attention a été rapportée. Par ailleurs, la subfertilité affecte un couple sur six, et l’utilisation des technologies de procréation médicalement assistée (PMA) est en forte augmentation à l’échelle mondiale.

Dans le cadre de PMA, et en particulier de la fécondation in vitro (FIV), l’embryon est cultivé ex vivo, dans un environnement qui l’expose à de multiples sources de stress préimplantatoire – par exemple : des niveaux d’oxygène et de nutriments modifiés, l’exposition à des hormones exogènes et à des thérapies adjuvantes visant à améliorer le taux de naissances vivantes. Étant donné la dynamique des événements développementaux qui surviennent durant cette période, de telles « agressions » peuvent non seulement compromettre la viabilité embryonnaire et la capacité du blastocyste à s’implanter, mais également altérer la trajectoire développementale des lignées cellulaires, influençant ainsi le développement et la fonction placentaire – source vitale pour le fœtus in utero – ainsi que le développement embryonnaire lui-même. De telles altérations biologiques peuvent conduire à des troubles liés à l’empreinte génomique, des modifications des voies métaboliques et de croissance, une inactivation biaisée du chromosome X, des altérations du neurodéveloppement et une différenciation sous-optimale des lignées cellulaires embryonnaires affectant la formation des organes. In fine, ces modifications peuvent avoir un impact sur la santé à long terme de l’enfant. Or, les preuves scientifiques permettant de caractériser les altérations moléculaires de l’embryon induites par les technologies de PMA restent insuffisantes, et la sécurité des thérapies adjuvantes et des additifs utilisés pour améliorer le succès de la FIV et de l’implantation demeure à explorer de manière rigoureuse.

Des études menées chez la souris suggèrent que des facteurs environnementaux, tels que le milieu de culture, peuvent influencer profondément le développement placentaire, entraînant un faible poids à la naissance, lui-même associé à des issues développementales sous-optimales. Par ailleurs, des études chez des enfants nés après PMA indiquent une incidence accrue de troubles liés à l’empreinte génomique, l’hypertension, l’obésité et le syndrome métabolique. Dans ce contexte, l’intégration des domaines DOHaD, Génomique Single-Cell et PMA est d’une importance critique, compte tenu du risque potentiel de reprogrammer involontairement les générations futures avec une prédisposition accrue aux maladies et troubles développementaux.

Membres du laboratoire

Bouchra Bourdache
BSc student
bouchra.bourdache@umontreal.ca

Eleanore Stohner, BSc
Étudiante à la maîtrise
eleanore.stohner@umontreal.ca

Katherine Vandal, MSc
Étudiante au doctorat
katherine.vandal.lenghan@umontreal.ca

Savana Biondic, MSc
Étudiante au doctorat
savana.biondic@umontreal.ca

Jesica Canizo, PhD
Chercheuse postdoctorale
jesicanizo@gmail.com

Alexandre Brodeur
Professionnel de recherche
alexandre.brodeur.chum@ssss.gouv.qc.ca

Cheng Zhao, PhD
Bioinformaticien
cheng.zhao@ki.se

Pauline Bazelle
Bioinformaticien
pauline.bazelle.chum@ssss.gouv.qc.ca

Publications

Claude Robert, PhD

13 Oct 2017

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Projections transzonales
  • Transport et gestion des ARN
  • Protéines liées au syndrome du x-fragile

Nous nous intéressons à comprendre les mécanismes fondamentaux associés au développement embryonnaire précoce ainsi que l’application de ces connaissances pour l’amélioration de l’efficacité des technologies de reproduction assistée. Chez les animaux d’élevage, ces dernières servent à disséminer la génétique des animaux qui démontrent les meilleures performances de la race afin d’améliorer les performances des générations futures. En complément, nous utilisons la génomique pour caractériser le potentiel génétique de différentes races laitières et même de races porcines afin d’améliorer certaines caractéristiques d’intérêt économique telles la fertilité, le rendement fromager ou la qualité de la viande. Parmi les mécanismes fondamentaux du développement précoce qui nous intéressent il y a plusieurs éléments associés à l’ovogenèse. Ainsi, l’ovocyte, (qui est la plus grosse cellule du corps) croît par des mécanismes encore peu connus parce qu’ils sont uniques en biologie cellulaire. Par exemple, chez plusieurs espèces d’oiseaux, d’amphibiens et de grands mammifères, les premières divisions cellulaires s’effectuent en absence d’activité transcriptionnelle nucléaire. Les premiers blastomères ne transcrivent pas leur génome et la production de protéines est soutenue par les ARN messagers stockés durant l’ovogenèse. Ce stockage demande une gestion précise pour la stabilisation des messagers « dormants », pour leur recrutement et même pour leur destruction puisqu’un grand nombre de ces ARNm stockés ne seront jamais traduits. D’un point de vue appliqué, ces mécanismes ont de l’intérêt puisque la grande majorité de la mortalité embryonnaire (70%) s’effectue avant la période d’activation du génome embryonnaire.

Nos travaux récents montrent que les cellules autours de l’ovocyte envoient des ARNm le long de leurs projections cellulaires qui entrent en contact avec l’ovocyte. Notre hypothèse est qu’en absence de ses propres capacités transcriptionnelles, l’ovocyte sous-traite ses besoins aux cellules qui l’entourent. L’avantage de cette approche pourrait être que les cellules folliculaires sont plus étroitement liées au statut endocrinien de l’ovaire que ne l’est l’ovocyte permettant ainsi de mieux synchroniser la qualité de l’ovocyte avec la condition physiologique du follicule ovarien.

Pour étudier les mécanismes de gestion des ARN, nous utilisons une approche par gènes candidats. Nous visons à approfondir les connaissances d’une famille de protéines : les membres de la famille du « fragile-X mental retardation related proteins » dont FMR1 en est le membre central. Malgré que les mécanismes en cause ne soient pas encore connus, présentement FMR1 est le principal marqueur d’insuffisance ovarienne chez l’humain.

Membres du laboratoire

William Poisson, BSc
Étudiant au doctorat
william.poisson.1@ulaval.ca

Marie-Pier Bouchard
Étudiante à la maîtrise
marie-pier.bouchard.8@ulaval.ca

Isabelle Laflamme
Technicienne de laboratoire
Isabelle.Laflamme@fsaa.ulaval.ca

Publications

Greg FitzHarris, PhD

13 Oct 2017

Coordonnées

Intérêts de recherche

  • Développement ovocytaire
  • Embryogenèse
  • Divison cellulaire

Un couple sur six au Canada éprouve de l’infertilité. Vivre une grossesse en santé devient plus difficile avec l’avancement de l’âge de la mère et comme l’âge auquel les gens décident de fonder une famille augmente, l’impact de l’infertilité sur la santé et l’économie des Canadiens augmentera en conséquence. La capacité de générer des œufs sains (ovocytes) qui peuvent être fécondés pour faire des embryons capables de se développer est un élément majeur afin d’établir une grossesse saine. Il y a très peu de connaissances sur la biologie cellulaire des ovocytes et des embryons précoces et sur ce qui détermine leur potentiel de développement.

Notre laboratoire aborde cette question en utilisant une combinaison d’approches génétiques et microscopiques. Nos études comportent des projets en recherche fondamentale avec la souris comme modèle d’étude et également des projets translationnels en collaboration avec des cliniques de fertilité pour examiner les déterminants essentiels à la bonne santé des ovocytes et des embryons humains. Notre objectif principal à long terme est de mieux comprendre la biologie de l’ovocyte et de l’embryon afin d’améliorer les traitements dans les cliniques de fertilité. Le programme de recherche du laboratoire est actuellement divisé en trois grands axes :

  1. La ségrégation chromosomique et l’aneuploïdie dans les ovocytes.
  2. Les causes et les conséquences des erreurs de division chromosomique dans les embryons.
  3. L’utilisation d’embryons précoces de mammifères pour étudier les aspects particuliers de leur division cellulaire

Membres du laboratoire

Sydney Cohen
Étudiant à la maîtrise
sydney.cohen.chum@ssss.gouv.qc.ca

Helia Rose Motamedi
Étudiante à la maîtrise
helia.rose.motamedi@umontreal.ca

Filip Vasilev, PhD
Postdoc
fvasilev@yahoo.com

Aleksandar Mihajlovic, PhD
Postdoc
aleksandar.mihajlovic00@gmail.com

Gaudeline Remillard-Labrosse, PhD
Assistante de recherche
gaudeline.remillard.chum@ssss.gouv.qc.ca

Publications

Rechercher

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